Gracias a Meld he estado realizando un orden de algunos directorios de documentos que tengo en equipos distintos. Esta herramienta, que busca diferencias, es capaz de comparar archivos y directorios, de esta forma puedo ir seleccionando los archivos actualizados que tengo en uno u otro directorio. De ahí en adelante, volveré a usar rsync, y quizás cvs, svn o arch.